La Real y Pontificia Universidad de México es una de las más antiguas universidades fundadas en el Continente Americano y la más antigua de México.
Las primeras Instituciones educativas de nivel superior en tiempos del Virreinato de la Nueva España eran los seminarios, instituciones con las que contaban las principales ciudades del reino y donde se preparaba a los sacerdotes. Fray Juan de Zumárraga y el virrey don Antonio de Mendoza inician las gestiones para la fundación de la primera universidad en la Nueva España. Las intenciones de Fray Juan de Zumárraga que le fueron entregadas al rey de España fueron "para educar a los recién convertidos", meta que no se cumplió debido a que la educación en esta universidad se centró a las clases privilegiadas de la colonia (persigue la educación de los criollos).
La Real y Pontificia Universidad de México es creada por Cédula Real expedida por Felipe II el 21 de septiembre de 1551, inaugurando sus cursos el 25 de enero de 1553, siendo virrey don Luis de Velasco . La denominación de "pontificia" se adquirií a través de una [bula] del Papa Clemente VIII. Esta bula se pierde en 1595 y es hasta el siglo XVII que se vuelve a expedir.
Esta universidad copia, en un principio, de la Universidad de Salamanca en España, los estatutos, de la Universidad de Bolonia en Italia, lo administrativo y de la Universidad de París en Francia, lo educativo en cuanto a la "división de los estudios". Sigue una metodología didáctica tradicional (medieval-escolástica). Existía la figura del rector que, para su elección, participaban todos los alumnos. El rector era aquel encargado de intervenir en pleitos y reclamaciones. Sin embargo dentro de la ley de indias se establecía que la mázima autoridad era el rey ("árbitro supremo").
En un principio esta universidad contó con pocos estudiantes. El prestigio de sus egresados era muy grande. Los egresados eran religiosos, profesionales y académicos de la teología, derecho y medicina. El saber estaba agrupado para su estudio según el medievo: en trivium (gramática, retórica y lógica) y en quadrivium (aritmética, geometría, música y astronomía). El idioma de estudio fue el latín. Debido a la denominación de "pontificia", para que se pudieran otorgar los grados académicos, era necesario que el magister scholarum asistiera a otorgarlos en nombre del Papa.
Los estudiantes gozaban de ciertos privilegios ante el gobierno colonial, tales como el no pagar impuestos o diezmos. Sin embargo se dice que la colegiatura era muy cara. Un joven podría entrar a la universidad desde los 14 años de edad. Se cuenta que existían muchas leyes de etiqueta y protocolos para las ceremonias académicas. Esta educación era enfocada a los hombres debido a que la educación femenina se consideraba que no necesitaba de grandes conocimientos, motivo por el cual fue destinada a los conventos y orfanatos en la colonia.
Los grados que se otorgaban era: bachiller (se puede se maestro), licenciado y doctor.
Durante el tiempo del Virreinato, la Universidad Pontificia fue el Centro Superior de Cultura, institución donde estudiaron algunos de los personajes más distinguidos que diera la Nueva España. El edificio que ocupó por primera vez la Real y Pontificia Universidad de México, se localiza en el Centro Histórico de la Ciudad de México, en la actual calle de Moneda, frente a la Catedral Metropolitana de la Ciudad de México. Poco tiempo después el Papa Paulo IV confirma a la Universidad como Pontificia, concediéndole gozar de los privilegios de la Universidad de Salamanca (1555). Dicha Universidad conservó este nombre hasta el año de la Independencia (1821), después del cual se llamó "Pontificia y Nacional Universidad de México".
En las postrimerías del siglo XVIII se crearon otras instituciones de educación superior, con funciones semejantes a las de la Real y Pontificia Universidad de México, entre las se pueden citar la Real Escuela de Cirugía, que fue fundada en 1778, el Real Colegio de Minería, en 1792 y dos años más tarde la Academia de San Carlos de Bellas Artes.
Once años después de iniciada la etapa independiente de México, el Vicepresidente Valentín Gómez Farías clausura la Universidad en 1833. Fue cerrada en los años de 1833, 1857, 1861 y definitivamente en 1865. No fue bien vista por los liberales, que la hacían ejemplo del retroceso. El emperador Maximiliano la reabrió para luego clausurarla. Al desaparecer la Universidad, quedaron establecimientos para el estudio de la medicina, la ingeniería, la teneduría de libros, la arquitectura y la jurisprudencia, a los que se sumó más adelante la Escuela de Agricultura.
Actualmente existen dos instituciones que pueden ser consideradas herederas de la 'Real y Pontificia Universidad de México: